基本的な部分について説明します。
Adapter
Nvidiaなど専用グラフィックを使用できる場合ここで指定しましょう

Renderer
Hard ware  と　Soft wareがあります。softのほうが実現性は高いですがハイスペックpcでないと重いとおもいます。
基本的には画質もあげられ、ゲーム修正しやすいHard ware を使います。

original PS2resolution
画質の設定です。画質をあげたい場合はNativeのチェックを外すだけでも十分きれいです。
  
Enable HW hacks
この欄にチェックを入れて「Configure...」をクリックするとゲーム修正が行えます。該当ゲームがある場合チェックをいれましょう。
 「Configure」中にskip drawというものがありますが重要です。
簡単にいうと不具合のある描写の部分をスキップします。
これが役にたつソフトは例えば
FF12のミストナック技
FF10のシヴァ召喚時のエフェクト
天誅紅の霧の描写
など
大幅な改善と読み込み速度アップする場合があります。
1から徐々に上げて様子をみながら設定しましょう。

基本的な設定は以上です。
次は操作設定

コントローラにマウスをかざして出てくる「プラグイン設定」をクリック
 
ボタンをクリックし、そのボタンに対応させたいPadのボタン、またはキーボードを押す。
これでボタン設定は終了。
次は起動するソフトを選びましょう。ソフトをisoに変換してある前提で進めます。
とりこみ方はまた別の記事で。

はじめのメニューからCDVD→ISOの選択でゲームソフトを指定してください。

指定し終えたらCDVD起動（フル）からゲームを起動。
ここまでおつかれさまでした！

知っておくと便利なショートカット

ゲームをやめる場合
キーボードのEscを押してpcsx2のメニューの→システム（Ｓ）→「終了」をクリック

クイックセーブ
キーボードのF1がセーブ
F2がセーブスロット選択
F3が選択しているスロットのロード

いろいろ遊んでみてね！